Minister Piotr Gliński, swoją decyzję tłumaczy m. in. tym, że obydwa muzea mają podobny charakter działalności, a ich połączenie będzie mniej kosztowne dla budżetu państwa. 

Celem tej zmiany jest optymalne wykorzystanie potencjału placówek o zbliżonym profilu działalności zlokalizowanych w Gdańsku, przy optymalizacji wydatkowania środków finansowych pochodzących z budżetu państwa. Informację o zamiarze i przyczynach połączenia wyżej wymienionych instytucji Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego podał do publicznej wiadomości w obwieszczeniu z dnia 6 maja 2016 r. (Dz. Urz. MKiDN poz. 25) – czytamy w komunikacie zamieszczonym na stronie mkidn.gov.pl. 

Jak informuje Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego działalność Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku, które powstanie na skutek połączenia obu placówek, będzie gromadzenie, ochrona oraz ekspozycja zabytków i zbiorów oraz materiałów dokumentacyjnych, dotyczących historii II wojny światowej, gromadzenie zbiorów i upowszechnianie wiedzy z zakresu dziejów Wojny Obronnej Polski w 1939 r. jako początku światowego konfliktu, ochrona, utrzymanie i rewitalizacja zespołu obiektów architektury militarnej na terenie placówki Westerplatte, prowadzenie działalności wystawienniczej, edukacyjnej, naukowej, wydawniczej oraz kulturalnej.

Jednocześnie resort zapewnia, że pracownicy nie zostaną zwolnieni, a jedynie przeniesieni do połączonego muzeum. 

Przeciwko połączeniu muzeów protestowały m. in. władze Gdańska. Prezydentem miasta, od 1998 roku, jest Paweł Adamowicz z Platformy Obywatelskiej.