Ta decyzja zamyka warszawski wątek sprawy zabójstwa b. komendanta głównego policji z 1998 r., w którym oskarżono Boguckiego i Andrzeja Z., ps. Słowik. Nie przysługuje od niej kasacja do Sądu Najwyższego. Obrona zapowiada zaś skargę do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka. Bogucki nie kwestionował samego wyroku SO, ale jego pisemne uzasadnienie. Prokurator wnosił o oddalenie apelacji.

W 2013 r. Sąd Okręgowy w Warszawie uniewinnił dwóch karanych już wcześniej gangsterów - Boguckiego oraz Andrzeja Z. - od zarzutów nakłaniania do zabójstwa b. komendanta głównego policji w 1998 r. Sąd ocenił, że wyrok jest porażką organów ścigania, bo nie dostarczyły dowodów do skazania.

Prokuratura Apelacyjna w Warszawie żądała 15 lat więzienia dla Boguckiego, oskarżonego o obserwowanie miejsca zabójstwa Papały i nakłanianie za 30 tys. dolarów gangstera Zbigniewa G. do zabicia b. szefa policji. Wobec "Słowika" - oskarżonego o nakłanianie za 40 tys. dolarów płatnego zabójcy Artura Zirajewskiego, ps. Iwan, do zabójstwa Papały - prokuratura wnosiła o 8 lat. Obrońcy i podsądni wnosili o uniewinnienie.

Prokuratura zrezygnowała z apelacji, godząc się z uniewinnieniami. Apelacje złożyła tylko obrona Boguckiego, kwestionując odnoszące się do niego fragmenty pisemnego uzasadnienia wyroku SO i podważając ustalenia faktyczne SO.

Obrona wnosiła m.in. o zmianę sformułowania sądu: "Dowody nie wystarczają, by oskarżonym przypisać zarzucane im czyny" na: "Dowody wskazały na fakt, że Bogucki zarzuconych mu czynów nie popełnił”. Chciała też wykreślenia innych zdań uzasadnienia.

SA odmówił uwzględnienia wniosku obrony, by wystąpić o udostępnienie decyzji o umorzeniu śledztwa wobec Edwarda Mazura oraz by zapoznać się z aktami śledztw w Łodzi: w sprawie zabójstwa Papały oraz w sprawie rzekomego utrudniania śledztwa w całej sprawie, gdy toczyło się ono jeszcze w Warszawie (Bogucki ma w nim status pokrzywdzonego).

Mec. Jan Widacki mówił, że Bogucki zeznał, iż w warszawskim śledztwie manipulowano dowodami, celowo pomijając te świadczące na jego korzyść. SA uznał, że prowadzić postępowanie dowodowe można w SA tylko, gdy apelacja dotyczy wyroku, a nie jedynie jego uzasadnienia.

Uzasadniając apelacje, Widacki argumentował, że śledztwo ws. Papały podlegało naciskom politycznym, a fakty naciągano pod przyjętą tezę. Według obrony Bogucki przez kilka lat przebywał w „areszcie wydobywczym” na podstawie „spreparowanych dowodów”. Dziś zaś zarzuty zabójstwa Papały ma w łódzkim śledztwie Igor Ł. „A przecież prokuratora jest jednolita” - dodał Widacki. Jego zdaniem SA ma prawo do własnej oceny materiału sprawy, nawet bez jego uzupełnienia.

Prokuratura wniosła o oddalenie apelacji; wyrok SO uznała za słuszny. Prok. Marek Deczkowski mówił, że za daleko idące jest uznanie, że w sprawie Papały organa ścigania dopuściły się przestępstw, a status pokrzywdzonego Boguckiego jeszcze o niczym nie świadczy. „Nie jest tak, że nie było żadnych dowodów w dacie kierowania aktu oskarżenia; bo nikt by nie umorzył takiego śledztwa, a część dowodów +padła+ w procesie” - dodał.

Prokurator przyznał, że SA może usunąć kwestionowane 15-20 stron z uzasadnienia, ale oznaczałoby to, że wyrok SO stałby się „ułomny”, bo według prokuratury te zdania nie są wadliwe i często nie mają związku z Boguckim. „Kto miałby zastąpić usunięte fragmenty? Obrona nie ma tu propozycji” - dodał prokurator.

Sędzia SA Anna Zdziarska uzasadniła, że apelacje nie zasługują na uwzględnienie, gdyż SO dokonał zgodnej z prawem oceny całości materiału dowodowego. Sędzia dodała, że apelacje kwestionowały taką dużą część uzasadnienia wyroku SO, że wyeliminowanie jej „uczyniłoby to uzasadnienie niekompletnym”

Według SA SO „dostrzegł nieprawidłowości w działaniach organów ścigania i wziął to m.in. pod uwagę, uniewinniając oskarżonego”. Zdaniem SA niezasadny był też zarzut apelacji, by materiał dowodowy SO był niepełny i że sąd ten powinien był czekać na wynik łódzkiego śledztwa ws. Papały.

25 czerwca 1998 r. Papała został zastrzelony w Warszawie w samochodzie przed blokiem, w którym mieszkał. W toku śledztwa rozpatrywano kilkanaście wersji, przeprowadzono kilkaset przesłuchań świadków. Sprawę prowadziła najpierw Prokuratura Apelacyjna w Warszawie. W 2009 r. śledztwo przekazano prokuraturze w Łodzi.

W 2012 r. łódzka prokuratura uznała, że do zabójstwa Papały doszło w wyniku napadu rabunkowego; sprawcy zamierzali ukraść jego auto. Podczas napadu Igor M., ps. Patyk (wcześniej Igor Ł. - zmienił nazwisko), miał oddać śmiertelny strzał. Według warszawskiej prokuratury - która oskarżyła Boguckiego i "Słowika" - wersja ta jest "kompletnie niewiarygodna". To zdumiewające, że w takiej sprawie dwie prokuratury nie potrafiły współpracować ze sobą - uznał SO.

Bogucki odsiaduje wyrok 25 lat więzienia za zabójstwo w 1999 r. szefa gangu pruszkowskiego Andrzeja Kolikowskiego, "Pershinga". Boguckiego zatrzymano w 2001 r. w Meksyku, który wydał go Polsce. Teraz chce on wystąpić do sądu o wysokie odszkodowanie za sprawę Papały, a także - o wznowienie swej sprawy co do zabójstwa „Pershinga”