Głównym zadaniem Centrum jest rozwijanie wielopłaszczyznowej współpracy z krajowymi i zagranicznymi służbami, instytucjami oraz podmiotami zaangażowanymi w profilaktykę terrorystyczną i przeciwdziałanie terroryzmowi, a także wypracowanie skutecznych instrumentów pozwalających na połączenie dorobku jednostek naukowych z wiedzą i doświadczeniem służb i organów ochrony prawnej, celem kompleksowego zobrazowania zjawiska terroryzmu i wynikających z niego zagrożeń.

Centrum jest bezprecedensową inicjatywą o charakterze międzynarodowym, realizowaną pod auspicjami Polski we współpracy ze strategicznymi partnerami – państwami Inicjatywy Trójmorza. CPT powstało w ramach działań mających na celu zapewnienie ochrony antyterrorystycznej kraju, jak również wzmocnienie znaczenia Polski w procesie kształtowania systemu bezpieczeństwa w Europie Środkowowschodniej.

Centrum Prewencji Terrorystycznej jako międzynarodowa struktura analityczno-szkoleniowa będzie wykonywać zadania związane ze wsparciem pracowników administracji publicznej i funkcjonariuszy organów ścigania Polski oraz państw Inicjatywy Trójmorza w procesie rozpoznawania i przeciwdziałania zagrożeniom terrorystycznym. Jednostka ta ma na celu przygotowanie administracji publicznej do bardziej efektywnego rozpoznawania i przeciwdziałania zagrożeniom terrorystycznym i asymetrycznym m.in. poprzez podnoszenie świadomości i kwalifikacji funkcjonariuszy i pracowników administracji oraz gromadzenie i przetwarzanie informacji niezbędnych dla efektywnego monitorowania zjawiska terroryzmu na rzecz ograniczania jego skutków.

Szeroko rozumiana profilaktyka terrorystyczna będzie rozwijana przez Centrum w ramach trzech głównych filarów: współpracy między służbami krajowymi i zagranicznymi oraz wymiany informacji i doświadczeń; współdziałania z ośrodkami naukowo-badawczymi umożliwiającego połączenie wiedzy analitycznej i naukowej oraz regularnych szkoleń podnoszących kwalifikacje funkcjonariuszy służb i pracowników administracji państwowej.

Centrum będzie funkcjonowało jako podmiot stanowiący formę zinstytucjonalizowanej współpracy państw Inicjatywy Trójmorza w obszarze bezpieczeństwa. Powołanie Centrum traktowane jest przez Polskę jako strategiczny cel, z uwagi na związane z tym faktem korzyści o charakterze politycznym oraz wymierny wpływ nowej struktury na bezpieczeństwo wewnętrzne RP.

Terroryzm pozostaje jednym z najważniejszych globalnych wyzwań, z jakimi muszą się mierzyć kraje Europy, w tym Polska. Powołanie do życia CPT jest inicjatywą wychodzącą naprzeciw zagrożeniom. Mamy świadomość, że wspólne działanie, koordynacja wysiłków oraz wymiana doświadczeń i informacji jest ważnym elementem zwiększania możliwości neutralizacji zagrożenia terroryzmem. Działanie CPT skupiać się będzie na prewencji. Istotą walki z terroryzmem jest zapobieganie zamachom, a nie walka z ich skutkami, kiedy już terroryści wykonają swój plan i ucierpią niewinni ludzie. CPT przyczyni się do wzmocnienia bezpieczeństwa Polski i innych krajów naszego regionu oraz pozwoli na skuteczną walkę z międzynarodowym terroryzmem.