Drugi dzień podróży apostolskiej na Litwie Franciszek rozpoczął od podróży samochodem do Kowna, oddalonego o 106 km od stolicy państwa – Wilna. Tam dla ponad 100 tys. wiernych odprawił Mszę w parku Santaka dokładnie 25 lat po tym, jak w tym samym miejscu Eucharystię celebrował tam św. Jana Paweł II. Na pamiątkę tamtego wydarzania w 2011 r. na parkowym wzgórzu postawiono pomnik upamiętniający Papieża Polaka, a w ubiegłym roku w Kownie rozpoczęto budowę kościoła pod jego wezwaniem.

Po Mszy i odmówieniu z wiernymi modlitwy „Anioł Pański” Franciszek udał się do budynku Kurii Diecezjalnej, gdzie zostaje ugoszczony przez  biskupów litewskich. Stamtąd udał się do katedry na spotkanie z duchowieństwem i osobami życia konsekrowanego.

Po południu goszczący na Litwie z wizytą papież oddał hołd ofiarom Holokaustu na wileńskim Skwerze Rudnickim, na terenie dawnego getta. Na placu tym w niedzielę m.in. została ułożona kilkumetrowa gwiazda Dawida z tysięcy kamyczków mających upamiętniać ofiary Holokaustu.

Zwracając się do 600 księży, zakonników, zakonnic i seminarzystów Franciszek powiedział, odnosząc się do prześladowań Kościoła w minionym stuleciu: "Chcę podzielić się tym, co czuję. Patrząc na was widzę, że za wami jest wielu męczenników; męczenników anonimowych, bo nie wiemy nawet, gdzie są pochowani".

 Papież podkreślił, że wśród uczestników tego spotkania są także ci duchowni, którzy byli w więzieniu.

 "Nie zapominajcie, miejcie pamięć. Jesteście dziećmi męczenników. To jest wasza siła. Pamiętajcie o waszych męczennikach. Bierzcie z nich przykład, oni się nie bali" – wskazywał.

"Kiedy rozmawiałem dzisiaj z waszymi biskupami oni zastanawiali się, co można zrobić, by móc otworzyć proces beatyfikacyjny wielu tych, na temat których nie mamy dokumentacji, ale wiemy, że są męczennikami" - ujawnił papież.

"Przemoc użyta wobec was, z powodu obrony wolności obywatelskiej i religijnej, przemoc zniesławiania, uwięzienia i deportacja nie mogły pokonać waszej wiary w Jezusa Chrystusa, Pana dziejów" - powiedział Franciszek litewskiemu duchowieństwu.

Podczas II wojny światowej las w Ponarach pod Wilnem był miejscem masowych mordów dokonywanych przez oddziały SS, policji niemieckiej i kolaborującej z Niemcami policji litewskiej. Niemcy, wspomagani przez ochotnicze oddziały litewskie, wymordowali tu ok. 100 tys. ludzi, w tym ok. 60-70 tys. Żydów. Mordowali też Polaków, Litwinów, Romów, Rosjan. Oficjalnie uważa się, że w Ponarach zginęło kilka tysięcy Polaków, Rodzina Ponarska przekonuje, że ok. 20 tys.