Zabójców ks. Jerzego Popiełuszki w sprawie tzw. prowokacji na Chłodnej oskarżył pion śledczy IPN. Akt oskarżenia sformułowano przeciwko byłym funkcjonariuszom SB Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych: Grzegorzowi P., Waldemarowi O. (dawniej Waldemar C.) i Leszkowi N. (dawniej Leszek P.) w sprawie "tworzenia fałszywych dowodów w celu skierowania przeciwko ks. Jerzemu Popiełuszce ścigania o przestępstwo".

Przestępcze działania oskarżonych - według prokuratora IPN - polegały na nielegalnym wejściu do mieszkania ks. Popiełuszki przy ul. Chłodnej w Warszawie i pozostawienia w nim amunicji, materiałów wybuchowych, a także ulotek i wydawnictw, których posiadanie było wówczas zabronione. Następnie funkcjonariusze SB doprowadzili do ich ujawnienia w wyniku przeszukania mieszkania w dniu 12 grudnia 1983 r., co spowodowało wdrożenie przeciwko kapelanowi Solidarności postępowania karnego.

Postępowanie karne przeciwko ks. Popiełuszce dotyczyło czynu z art. 194 Kodeksu karnego z 1969 r. Przepis ten brzmiał następująco: "Kto przy wykonywaniu obrzędów lub innych funkcji religijnych nadużywa wolności sumienia i wyznania na szkodę interesów PRL podlega karze wolności od roku do lat 10" i był wykorzystywany przez władze PRL w sprawach dotyczących rzekomych przestępstw politycznych duchowieństwa.

W ocenie IPN, zarzucane oskarżonym zachowania stanowiły akt represji oraz prześladowania duchownego z powodów politycznych i religijnych. Oskarżonym zarzucono popełnienie przestępstw z art. 235 Kodeksu karnego i art. 231 par. 1 Kodeksu karnego, wypełniających jednocześnie znamiona zbrodni komunistycznych i zbrodni przeciwko ludzkości. Czyny zarzucone oskarżonym są zagrożone karą pozbawienia wolności do lat trzech.

Księdza Jerzego Popiełuszkę - duszpasterza ludzi pracy, kapelana Solidarności - zamordowali funkcjonariusze SB w nocy z 19 na 20 października 1984 roku.

Ksiądz był obserwowany przez Służbę Bezpieczeństwa już na dwa lata przed śmiercią. Założono mu podsłuch, próbowano też doprowadzić do wypadku samochodowego. W mieszkaniu przy ul. Chłodnej funkcjonariusze SB dokonali prowokacji, podrzucając kilkanaście tysięcy ulotek, farbę drukarską, granaty z gazem łzawiącym, naboje i materiał wybuchowy. Miały to być dowody do przygotowywanego procesu sądowego. Starano się go za wszelką cenę skompromitować.

Po zabójstwie ks. Popiełuszki w październiku 1984 r. proces jego zabójców (tzw. proces toruński) rozpoczął się dwa miesiące później - 27 grudnia w Sądzie Wojewódzkim w Toruniu. Odbyło się 21 rozpraw, oskarżono i skazano na więzienie cztery osoby: kpt. Grzegorza Piotrowskiego (głównego zabójcę księdza) i płk. Adama Pietruszkę (przełożonego Piotrowskiego) na 25 lat pozbawienia wolności, a także por. Leszka Pękalę i por. Waldemara Chmielewskiego odpowiednio na 15 i 14 lat więzienia. Wszyscy byli funkcjonariuszami Departamentu IV MSW, którego celem w latach PRL było zwalczanie Kościoła katolickiego.

Mimo upływu 35 lat od zabójstwa ks. Jerzego do dziś nie wiadomo, czy za zabójcami z IV Departamentu MSW stali wyżej usytuowani mocodawcy. W tej sprawie toczy się odrębne śledztwo IPN, które ma ustalić odpowiedzialność tych osób, które w MSW zajmowały wyższe stanowiska. Czynności śledcze w tej sprawie prokuratora IPN obejmują m.in. przesłuchania osób, w tym byłych funkcjonariuszy państwa komunistycznego. Celem postępowania jest ustalenie podstaw odpowiedzialności karnej za kierowanie uprowadzeniem i zabójstwem ks. Jerzego Popiełuszki przez osoby zajmujące w hierarchii służbowej MSW stanowiska wyższe niż wiceminister spraw wewnętrznych – szef Służby Bezpieczeństwa Władysław Ciastoń i dyrektor Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych Zenon Płatek.