W 2016 r. przyjęta została uchwała, w której koszty przekopu Mierzei Wiślanej wyceniono na kwotę 880 mln zł. Ale będzie drożej.

W uzasadnieniu do projektu zmiany uchwały Rady Ministrów w tej sprawie napisano, że za ponad dwukrotny wzrost kosztów odpowiada znacząca podwyżka cen materiałów budowlanych i kosztów pracy.

Nie bez znaczenia jest też rozwinięcie projektu o elementy, których nie przewidywano kilka lat temu.

Tymi nowymi pracami są m.in. likwidacja mostu pontonowego na rzece Elbląg w miejscowości Nowakowo i budowa w tym miejscu nowego mostu, budowa mostu zwodzonego obrotowego na Mierzei Wiślanej zamiast planowanego wcześniej mostu zwodzonego podnoszonego oraz budowa sztucznej wyspy w celu odkładu urobku z prac pogłębiarskich.

Konieczne okazało się też zaprojektowanie przy obudowie rzeki Elbląg dłuższych niż pierwotnie zakładano ścianek szczelnych i mikropali kotwiących. Dodatkowo przewiduje się przebudowę dłuższego niż przewidywano pierwotnie odcinka rzeki.

Rząd od jakiegoś czasu sygnalizował, że nie uda się inwestycji zamknąć w planowanych 880 mln zł, ale informacje o tym, jak bardzo budżet zostanie przekroczony, dozował. W czerwcu tego roku ówczesny minister gospodarki morskiej i żeglugi śródlądowej Marek Gróbarczyk przyznał, że wartość samego przekopu to 992 mln zł. Natomiast na realizację całości inwestycji, łącznie z rozbudową portu w Elblągu, modernizacją rzeki Elbląg i budową mostu w Nowakowie oraz budową drogi wodnej zarezerwowano ponad 1,9 mld zł.