Aktualnie jedną z czynności zarządzonych przez prokuratora w tej sprawie jest m.in. znalezienie i przebadanie pozostałych szczątków zamordowanej kobiety, które według ustaleń śledczych znajdują się w nurtach krakowskiego odcinka Wisły. Dlatego też, 17 października, koło stopnia wodnego Dąbie w Krakowie na dno rzeki zejdzie ekipa nurków z Grupy Specjalnej Płetwonurków RP. Przy użyciu nowoczesnej technologii i  specjalistycznego sprzętu rozpocznie się drobiazgowe przeszukanie dna i brzegów rzeki.
W styczniu 1999 r. na krakowskim odcinku Wisły została odnaleziona ludzka skóra, którą ujawniono w statku rzecznym. Przeprowadzona przez biegłych analiza obrażeń widocznych na zabezpieczonych fragmentach ciała kobiety wskazała niezbicie, że zabójca z torsu ofiary zdjął skórę. Takie działanie przestępcze sprawcy jest bez precedensu tak w polskiej, jak i światowej kryminalistyce.

W wyniku poszukiwań, 14 stycznia 1999 r. z dna Wisły blisko stopnia wodnego Dąbie wydobyto jeszcze prawą nogę.
Na potrzeby tego śledztwa, prokurator do identyfikacji znalezionych szczątków polecił przeprowadzenie badania DNA. Były to jedne z pierwszych badań genetycznych przeprowadzonych na potrzeby polskiej Policji. Analiza wykazała, że ofiarą jest zaginiona w listopadzie 1998 r.  23-letnia wówczas  Katarzyna  Z., studentka jednej z krakowskich uczelni.
Obecnie, prokurator powołał Macieja Rokusa, biegłego z zakresu poszukiwania zwłok ludzkich w środowisku wodnym, w celu oceny zasadności i celowości ponownej penetracji dna Wisły. Maciej Rokus, szef Grupy Specjalnej Płetwonurków RP tak jak i pozostali jej członkowie, ma ogromne doświadczenie m.in. w poszukiwaniu i lokalizacji zwłok w różnego rodzaju akwenach. Zespół odnajdował ciała nawet po kilkunastu latach od zaginięcia. Płetwonurkowie mają na koncie m.in. skuteczne poszukiwania w akwenie w Zabierzowie ciała pracownika  krakowskiego lotniska.

Nurkowie wyposażeni są w nowoczesny, specjalistyczny sprzęt m.in. sonary czy bezzałogowe pojazdy podwodne, wykorzystujące najnowocześniejszą technologię do prowadzenia badań w wodzie. Podczas akcji będą sprawdzać fragmenty sieci rybackich, wszelkie obiekty typu pojemniki, karoserie  itp., które osiadły na dnie Wisły. Istnieje możliwość, że szczątki Katarzyny Z. zatrzymały się na takich przedmiotach, a następnie piasek nurtu rzeki je przysłonił i będzie można je teraz odnaleźć.

Śledztwo w sprawie zabójstwa Katarzyny Z., które toczyło się od momentu wyłowienia z Wisły fragmentu skóry, zostało umorzone w 2000 r. z powodu niewykrycia sprawcy. Cały czas jednak policjanci Archiwum X pracowali nad tą sprawą.

Na początku 2012 r. prokurator Prokuratury Okręgowej w Krakowie m.in. na podstawie materiałów procesowych dostarczonych właśnie przez policjantów Archiwum X wydała decyzję o podjęciu śledztwa na nowo. Prokuratura podjęła wówczas decyzję o ekshumacji szczątków i ponownej sekcji. Takie działanie było możliwe dzięki poddaniu przez pracowników Zakładu Medycyny Sądowej CM UJ w Krakowie fragmentów ciała przed pochowaniem stosownym czynnościom zabezpieczającym je przed rozkładem. Rezultaty tych powtórnych oględzin zaskoczyły ekspertów wielu dziedzin. W ich wyniku zabezpieczono dwa stoły sekcyjne różnych śladów.
W śledztwie tym, dotyczącym tak unikatowego przypadku kryminalistycznego, stosowano również nietypowe, nowatorskie metody wykrywcze, a także nawiązywano kontakty z różnego rodzaju jednostkami naukowymi i badawczymi tak w Polsce, jak i zagranicą. 
Dzięki współpracy prokuratora z Laboratorium Ekspertyz 3D z Uniwersytetu Wrocławskiego udało się uzyskać trójwymiarowe odtworzenie przebiegu zabójstwa. Była to pierwsza w Polsce i na świecie ekspertyza w takim zakresie. Nad sprawą pochylali się także najlepsi eksperci z zakresu kryminalistyki i kryminologii z Europy i świata. 

O wydanie opinii został poproszony  znany w świecie biegły, portugalski specjalista od śladów tortur na ciele ludzkim, z którym współpraca trwa do tej pory. W tej sprawie przesłuchano w Austrii  w charakterze świadka przedstawiciela FBI na Europę, który stworzył profil  psychologiczny sprawcy.