Wystawia się je podobnie jak e-receptę. Lekarz wprowadza wymagane dane pacjenta do systemu gabinetowego podłączonego do platformy e-zdrowie (P1) lub za pomocą aplikacji gabinet.gov.pl i podpisuje cyfrowo.

Jeśli pacjent posiada Internetowe Konto Pacjenta (IKP), dostępne pod adresem pacjent.gov.pl (logowanie po uprzednim założeniu profilu zaufanego), otrzyma 4-cyfrowy kod, który wysyłany jest do niego SMS-em lub mailem jako załącznik pdf. W przeciwnym wypadku otrzyma wydruk informacyjny.

Do specjalisty umówić może się telefonicznie lub w rejestracji podając kod i numer PESEL lub pokazując wydruk informacyjny, z którego placówki posiadające czytniki mogą zeskanować kod kreskowy. E-skierowanie jest automatycznie przypisywanie do wybranej placówki. Nie można go zrealizować w innej.

Świadczeniodawca zawsze może odtworzyć kod e-skierowania, które wystawił, a pacjent ma do niego dostęp za pośrednictwem swojego IKP. Może tam śledzić historię swojego leczenia.

Lekarz będzie mógł wystawić papierowe skierowanie od 8 stycznia tylko w przypadku awarii i braku dostępu do internetu lub systemu gabinetowego albo systemu e-zdrowie (P1).

Według danych Centrum e-Zdrowia do 13 listopada 2020 roku lekarze wystawili 3,3 mln e-skierowań, a między 1 a 13 listopada 2020 roku w dzień roboczy średnio 32 tys. Na stronach cez.gov.pl i NFZ działa specjalny licznik, który odmierza czas do wejścia w życie nowej usługi dla pacjentów.