Urodził się 28 lipca 1952 r. w Łodzi. W 1976 r. ukończył studia na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Warszawskiego, a rok później studia w zakresie filologii starożytnego wschodu w Instytucie Orientalistycznym UW. W latach 1976–79 był studentem studium doktoranckiego w Instytucie Historycznym UW, a w okresie 1980-81 pracownikiem naukowym IH UW.

W 2007 r. na Akademii Humanistycznej w Pułtusku Targalski uzyskał stopień doktora. W latach 1974–79 należał do PZPR, jednak od 1976 r. współpracował z Komitetem Obrony Robotników. Za udział w zbiórkach pieniędzy dla represjonowanych robotników i kolportaż niezależnych wydawnictw – m.in. „Biuletynu Informacyjnego” KSS „KOR” i „Głosu” – został zwolniony z pracy na UW. Od 1977 r. współpracował z „Głosem” i Wydawnictwem „Krąg”, zajmując się tematyką Wschodu. Współtworzył niezależne czasopisma „Niepodległość” oraz „Obóz”.

+ zmarł Jerzy Targalski (Józef Darski)

Uwielbiałem go, ale przede wszystkim tyle mu zawdzięczam! Pierwszy człowiek który powiedział mi o Truście, Golicynie i piętrowych operacjach dezinformacyjnych Sowietów! Nauczyciel! Wyjątkowy. Jedyny taki...

Żegnaj! pic.twitter.com/VOHNHm4hf6

— Sławomir Cenckiewicz (@Cenckiewicz) September 19, 2021

Po przywróceniu do pracy w 1980 r., został członkiem NSZZ „Solidarność” na Wydziale Historycznym UW.

Ukrywając się po wprowadzeniu stanu wojennego, od stycznia do maja 1982 r. wydawał podziemne pismo „Fakty”. Był współtwórcą – pod pseudonimem Józef Darski – nielegalnego w PRL czasopisma „Niepodległość”. W latach 1982–84 był członkiem Komitetu Wykonawczego podziemnej organizacji Liberalno-Demokratyczna Partia „Niepodległość”. Od 1983 r. przebywał na emigracji we Francji. Współpracował z „Kontaktem”, „RWE” i „Kulturą”.

Do kraju wrócił w 1997 r. W latach 1998–2000 był dyrektorem i redaktorem naczelnym PAI-Pressu w Polskiej Agencji Informacyjnej (PAI), w 2000 r. został dyrektorem PAI-Internet. Z PAI zwolniono go w kwietniu 2001 r. Został wówczas wykładowcą w Studium Europy Wschodniej Uniwersytetu Warszawskiego.

15 lipca 2006 r. został wybrany do Zarządu Polskiego Radia SA, skąd odwołano go 10 stycznia 2009 r.

W wypowiedziach publicznych wielokrotnie zwracał uwagę na zagrożenia wynikające z dużego wpływu byłych funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa oraz Wojskowych Służb Informacyjnych i ich tajnych współpracowników na życie polityczne i gospodarcze Polski po 1989. Był zdecydowanym zwolennikiem lustracji i dekomunizacji.

Był współpracownikiem „Gazety Polskiej” i Telewizji Republika, współtwórcą portalu internetowego ABCnet i Fundacji Orientacja.

W 2020 r. został odznaczony Krzyżem Wolności i Solidarności oraz Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.

"Śmierć zawsze jest bolesna, trudna i zawsze nie w porę. Dzisiaj w tym ziemskim wymiarze żegnamy Jerzego Targalskiego – jak słyszeliśmy – historyka, politologa, doktora nauk, publicystę, działacza opozycyjnego i pewnie jeszcze wiele innych określeń moglibyśmy dołożyć. Te lapidarne określenia i tytuły, oczywiście, nie opisują całości jego życia. Trzeba do tego dodać miejsca i środowiska, w których żył, dla których żył, dla których pracował i którym służył” – powiedział podczas pożegnalnej homilii ks. Leszek Kryża.