Polsce bocian biały objęty został obok wielu innych gatunków zwierząt ochroną prawną w 1952 roku na mocy Rozporządzenia Ministra Leśnictwa w sprawie wprowadzenia gatunkowej ochrony zwierząt. Po zmianie ustroju ochronę gatunkową bociana w Polsce usankcjonowała w 1997 Ustawa o ochronie zwierząt i obecnie znajduje się on pod ścisłą ochroną gatunkową. Z uwagi na spadającą liczebność gatunek został objęty programem ochronnym pod nazwą „Program Ochrony Bociana Białego i Jego Siedlisk” koordynowanym przez Polskie Towarzystwo Przyjaciół Przyrody „pro Natura”. Od 1994 roku populacja bociana białego obserwowana jest w ramach Monitoringu Flagowych Gatunków Ptaków (MFPG) prowadzonego przez Główny Inspektorat Ochrony Środowiska. Obecnie w ramach tego programu populacja oceniana jest na stabilną. Bocian gniazduje i żeruje na terenach włączonych do sieci Natura 2000, jednak, jako że jest on gatunkiem synantropijnym, nieliczne pary gniazdują na terenach chronionych. Częściej obszary specjalnej ochrony wyznaczane są w celu ochrony żerowisk tego gatunku. Podobnie tereny żerowiskowe chronione są także w parkach narodowych, np. w Biebrzańskim Parku Narodowym i Narwiańskim Parku Narodowym, gdzie żeruje nawet ponad tysiąc par. Istotną rolę odgrywają parki krajobrazowe, zwłaszcza położone w dolinach rzecznych lub ze znacznym udziałem stawów rybnych, jak na przykład: Krzesiński Park Krajobrazowy, Park Krajobrazowy Ujście Warty, Nadbużański Park Krajobrazowy, Park Krajobrazowy Podlaski Przełom Bugu, Przemkowski Park Krajobrazowy czy Park Krajobrazowy Dolina Baryczy.