Jan Paweł II został postrzelony w brzuch i rękę, choć jak ustalili śledczy chwilę wcześniej zamachowiec celował w głowę. Po postrzale, Ojciec Święty został przewieziony do polikliniki Gemelli, gdzie poddano go sześciogodzinnej operacji. Spędził na rehabilitacji w szpitalu 22 dni. Potem wielokrotnie cierpiał z powodu różnorodnych dolegliwości, które były następstwem tego zamachu.

Dokładnie w rok po zamachu papież udał się w swą 11 Podróż Apostolską do Fatimy, gdzie złożył hołd i podziękowanie Matce Boskiej Fatimskiej za ocalenie. Ojciec Święty głęboko wierzył, że to właśnie Jej zawdzięcza życie. Zamach miał bowiem miejsce w rocznicę pierwszych objawień fatimskich z 1917 roku. – Jedna ręka strzelała, a inna kierowała kulę – mówił papież.

W czasie tej wizyty pocisk z pistoletu Mehmeta Ali Ağcy wyjęty podczas operacji, został przekazany jako wotum, a następnie umieszczony wewnątrz korony figury Matki Boskiej Fatimskiej. Wizyta nie obyła się bez kolejnego incydentu. Niezrównoważony mężczyzna  ugodził papieża nożem. Napastnik został szybko obezwładniony, a papież dokończył nabożeństwo pomimo krwawienia.

Ali Agca został schwytany natychmiast po napaści. W lipcu 1981 r. rozpoczął się jego proces. Skazano go na dożywotnie więzienie.

Ojciec Święty przebaczył swemu oprawcy już w czwartym dniu po zamachu: "Modlę się za brata, który mnie zranił, a któremu szczerze przebaczyłem".

W 1983 r. Jan Paweł II odwiedził Agcę w rzymskim więzieniu. – Byłem świadkiem odwiedzin Ojca Świętego u Ali Agcy w więzieniu. Papież przebaczył mu publicznie już w pierwszym przemówieniu. Nie słyszałem słowa "przepraszam" ze strony więźnia. Był tylko zainteresowany tajemnicą fatimską – wspominał kard. Stanisław Dziwisz.

Z kolei sam papież po rozmowie z terrorystą napisał: "Ali Agca - jak mi się wydaje - zrozumiał, że ponad jego władzą, władzą strzelania i zabijania, jest jakaś potęga wyższa. Zaczął więc jej poszukiwać. Życzę mu, aby ją odnalazł".

W czerwcu 2000 r. prezydent Włoch Carlo Azeglio Ciampi ułaskawił zamachowca. Śledztwo nie wyjaśniło jednak tła zamachu. Kilka lat temu Agca został wypuszczony z więzienia, gdzie odsiadywał wyrok za zabójstwo tureckiego dziennikarza. W sumie spędził za kratami 30 lat.