Uroczystości pogrzebowe rozpoczęły się w Pucku, z którym był związany duchowny. Tam w kościele św. Piotra i Pawła po godzinie 8.00 oprawiono mszę pożegnalną w intencji zmarłego księdza. Trumnę przetransportowano do Sopotu, w którym o godzinie 12.00 rozpoczęła się ceremonia pogrzebowa.

– Był bardzo dobrym człowiekiem, wzorem dla młodych ludzi – mówili przyjaciele i sympatycy duchownego.

Ks. Jan Kaczkowski, zgodnie z wolą rodziny, został pochowany na Cmentarzu Komunalnym w Sopocie. Rodzina poprosiła też, by zamiast kwiatów, wpłacać datki na Puckie Hospicjum, którego ks. Kaczkowski był dyrektorem.

Ksiądz Kaczkowski od urodzenia zmagał się z lewostronnym niedowładem i dużą wadą wzroku. Ponadto miał zdiagnozowany nowotwór nerki i glejaka mózgu. W 2004 roku założył Puckie Hospicjum Domowe. W 2007 roku nadzorował budowę Puckiego Hospicjum pw. św. Ojca Pio, którego został dyrektorem i prezesem zarządu.

W 2007 r. uzyskał doktorat nauk teologicznych na Uniwersytecie Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie na podstawie pracy "Godność człowieka umierającego a pomoc osobom w stanie terminalnym – studium teologiczno – moralne". Duchowny zasłynął głośnym wywiadem, który został spisany i wydany w 2015 roku, jako książka pt. "Życie na pełnej petardzie". W lutym tego roku ukazała się następna - "Grunt pod nogami". Ks. Kaczkowski uczył przede wszystkim lekarzy, jak rozmawiać z pacjentami o umieraniu.

W 2012 roku postanowieniem prezydenta Bronisława Komorowskiego został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.