Głównym tematem swojego pontyfikatu uczynił kwestię ludzkiej seksualności, małżeństwa i rodziny. Podczas katechez środowych, wygłaszanych co tydzień od roku 1979 do 1984 r., Jan Paweł II przedstawił wizję ludzkiej płciowości i relacji między męskością i kobiecością, zwaną teologią ciała, którą watykanista George Weigel określił mianem "teologicznej bomby z opóźnionym zapłonem".

Rodzinie poświęcony był pierwszy synod jego pontyfikatu, który odbył się w Rzymie między 26 września a 25 października 1980 r. Jego owocem była adhortacja apostolska "Familiaris consortio", w której Jan Paweł II zaznaczył, że "rodzina w czasach dzisiejszych znajduje się pod wpływem rozległych, głębokich i szybkich przemian społecznych i kulturowych". Podkreślił, że "Kościół jest świadomy tego, że małżeństwo i rodzina stanowią jedno z najcenniejszych dóbr ludzkości", dlatego "pragnie nieść swoją naukę i zaofiarować pomoc".

Oceniając sytuację rodziny we współczesnym świecie, Jan Paweł II wskazał na zjawiska pozytywne, jak "zwrócenie większej uwagi na jakość stosunków międzyosobowych w małżeństwie, na podnoszenie godności kobiety, na odpowiedzialne rodzicielstwo i na wychowanie dzieci". Z drugiej strony wskazał na niebezpieczeństwa – "błędne pojmowanie w teorii i praktyce niezależności małżonków we wzajemnych odniesieniach (...); stale wzrastającą liczbę rozwodów, plagę przerywania ciąży, coraz częstsze uciekanie się do sterylizacji i faktyczne utrwalanie się mentalności przeciwnej poczęciu nowego życia".

Wychodząc od biblijnego opisu stworzenia człowieka, zawartego w Księdze Rodzaju, papież wskazał, że "Bóg stworzył człowieka na swój obraz i podobieństwo, powołując go do istnienia z miłości, powołał go jednocześnie do miłości".

W następstwie tego – jak zastrzegł – "płciowość (...) nie jest bynajmniej zjawiskiem czysto biologicznym, lecz dotyczy samej wewnętrznej istoty osoby ludzkiej jako takiej".

"Urzeczywistnia się ona w sposób prawdziwie ludzki tylko wtedy, gdy stanowi integralną część miłości, którą mężczyzna i kobieta wiążą się z sobą aż do śmierci. Całkowity dar z ciała byłby zakłamaniem, jeśliby nie był znakiem i owocem pełnego oddania osobowego, w którym jest obecna cała osoba, również w swym wymiarze doczesnym, jeżeli człowiek zastrzega coś dla siebie lub rezerwuje sobie możliwość zmiany decyzji w przyszłości, już przez to samo nie oddaje się całkowicie", czytamy w "Familiaris consortio".

Zdaniem Jana Pawła II "jedynym 'miejscem' umożliwiającym takie oddanie w całej swej prawdzie jest małżeństwo". "Instytucja małżeństwa nie jest wynikiem jakiejś niesłusznej ingerencji społeczeństwa czy władzy ani zewnętrznym narzuceniem jakiejś formy, ale stanowi wewnętrzny wymóg przymierza miłości małżeńskiej, które potwierdza się publicznie jako jedyne i wyłączne, dla dochowania w ten sposób pełnej wierności wobec zamysłu Boga Stwórcy", pisał.

Wyjaśnił, że wedle zamysłu Bożego, małżeństwo jest podstawą szerszej wspólnoty rodzinnej, ponieważ sama instytucja małżeństwa i miłość małżeńska są skierowane ku rodzeniu i wychowaniu potomstwa. "Małżonkowie, oddając się sobie, wydają z siebie nową rzeczywistość – dziecko, żywe odbicie ich miłości, trwały znak jedności małżeńskiej oraz żywą i nierozłączną syntezę ojcostwa i macierzyństwa", zaznaczył.

Papież podkreślił, że "właśnie dlatego, że miłość małżonków jest szczególnym uczestnictwem w tajemnicy życia i miłości samego Boga, Kościół ma świadomość, że otrzymał specjalne posłannictwo strzeżenia i ochraniania tak wielkiej godności małżeństwa i tak wielkiej odpowiedzialności za przekazywanie życia ludzkiego". 

"Kościół jest powołany do tego, aby wszystkim ukazać na nowo, z coraz większym przekonaniem, swoją wolę rozwijania wszelkimi środkami życia ludzkiego i bronienia go przeciw jakimkolwiek zasadzkom, niezależnie od stanu i stadium rozwoju, w którym się ono znajduje", pisał Jan Paweł II. 

W adhortacji "Familiaris consortio" Jan Paweł II potwierdził nauczanie Soboru Watykańskiego II i swojego poprzednika, papieża Pawła VI, wyrażone przede wszystkim w encyklice "Humanae vitae", o dwojakim celu współżycia małżeńskiego: budowaniu jedności małżonków i prokreacji. 

"Kiedy małżonkowie, uciekając się do środków antykoncepcyjnych, oddzielają od siebie dwa znaczenia, które Bóg Stwórca wpisał w naturę mężczyzny i kobiety i w dynamizm ich zjednoczenia płciowego, zajmują postawę 'sędziów' zamysłu Bożego i 'manipulują' oraz poniżają płciowość ludzką, a wraz z nią osobę własną i współmałżonka, fałszując wartość 'całkowitego' daru z siebie (...). Jeżeli natomiast małżonkowie, stosując się do okresów niepłodności, szanują nierozerwalny związek znaczenia jednoczącego i rozrodczego płciowości ludzkiej, postępują jako 'słudzy' zamysłu Bożego i 'korzystają' z płciowości zgodnie z pierwotnym dynamizmem obdarowania 'całkowitego', bez manipulacji i zniekształceń", pisał.

Jak podkreślił, wybór naturalnych metod planowania rodziny "pociąga za sobą akceptację cyklu osoby, to jest kobiety, a co za tym idzie, akceptację dialogu, wzajemnego poszanowania, wspólnej odpowiedzialności i panowania nad sobą". "Przyjęcie cyklu i dialogu oznacza następnie uznanie charakteru duchowego i cielesnego zarazem komunii małżeńskiej, jak również przeżywanie miłości osobowej w wierności, jakiej ona wymaga", zastrzegł Jan Paweł.

W encyklice "Familiaris consortio" mocno akcentował godność i odpowiedzialność kobiety, równą godności i odpowiedzialności mężczyzny.

Przyznał, że szeroko rozpowszechniona tradycja społeczna i kulturalna przyznawała dotąd kobiecie "jedynie rolę małżonki i matki, nie umożliwiając jej odpowiedniego dostępu do zadań społecznych, zarezerwowanych na ogół dla mężczyzny".

"Nie ulega wątpliwości, że równa godność i odpowiedzialność mężczyzny i kobiety usprawiedliwia w pełni dostęp kobiety do zadań publicznych. Z drugiej strony prawdziwy awans kobiety domaga się także, by wyraźnie była uznana wartość jej zadania macierzyńskiego i rodzinnego w odniesieniu do wszystkich innych zadań publicznych i wszystkich innych zawodów", pisał. 

W ogłoszonej 25 marca 1995 roku encyklice "Evangelium Vitae" Jan Paweł II podkreślił, że życie ludzkie pochodzi od Boga, jest Jego darem, Jego obrazem i odbiciem. "Bóg jest jedynym Panem tego życia: człowiek nie może nim rozporządzać", pisał. 

Wskazał na konieczność "budzenia w sumieniach, w rodzinach, w Kościele i społeczeństwie świeckim wrażliwości na sens i wartość ludzkiego życia w każdym momencie i w każdej kondycji".

Tym samym jako niemoralne określił dopuszczanie się aborcji, czyli zabójstwa człowieka od momentu poczęcia aż do narodzin, eutanazji oraz wykorzystywanie embrionów i płodów ludzkich jako przedmiotu eksperymentów. 

Jan Paweł II zaznaczył, że przerywanie ciąży często określane jest słowem "zabieg", co "zmierza do ukrycia jego prawdziwej natury i złagodzenia jego ciężaru w świadomości opinii publicznej". 

Zastrzegł, że "żadna okoliczność, żaden cel, żadne prawo na świecie nigdy nie będą mogły uczynić godziwym aktu, który sam w sobie jest niegodziwy, ponieważ sprzeciwia się prawu Bożemu, zapisanemu w sercu każdego człowieka, poznawalnemu przez sam rozum i głoszonemu przez Kościół". 

O eutanazji pisał, że "nikt nie może się domagać, aby popełniono ten akt zabójstwa wobec niego samego lub wobec innej osoby powierzonej jego pieczy, nie może też bezpośrednio ani pośrednio wyrazić na to zgody. Żadna władza nie ma prawa do tego zmuszać ani na to przyzwalać".