Śledztwo wznowiono w 1991 r., a potem jeszcze kilkakrotnie podejmowano i umarzano z powodu niemożności wykrycia sprawców. Według ustaleń prokuratury Pyjas został śmiertelnie pobity.

Od 2008 roku piąte już śledztwo w tej sprawie prowadzi krakowski IPN. W kwietniu 2010 r. ekshumowano szczątki Pyjasa. Domagała się tego część rodziny, która brała pod uwagę wersję mówiącą o zabójstwie strzałem w głowę. Było to spowodowane emisją filmu "Trzech kumpli", w którym jeden z rozmówców wyrażał taką opinię. Wersji tej nie potwierdzał opis obrażeń; śladów postrzału nie stwierdzili też biegli po ekshumacji.

Badający szczątki biegli trzykrotnie potwierdzili tezę o śmierci Pyjasa w wyniku upadku z wysokości. Za pierwszym razem wniosek taki sformułowali w opinii ze stycznia 2011 r., w której odpowiadali na 22 pytania zadane przez prokuratora. Podobne wnioski znalazły się w dwóch kolejnych opiniach uzupełniających, w których odpowiadali na dalsze 33 pytania prokuratora. W każdej z opinii biegli konsekwentnie i jednoznacznie potwierdzali wersję, że stwierdzone obrażenia wskazują, że przyczyną śmierci był upadek z wysokości co najmniej 7 metrów.

Zastrzeżenia do tego wyrażali przyjaciele Pyjasa, a niektórzy członkowie rodziny złożyli w tej sprawie zawiadomienie do prokuratury. W lutym 2012 r. łódzka prokuratura uznała, że nie ma dowodów na to, że biegli popełnili przestępstwo i przedstawili fałszywą opinię. Wcześniej podobne śledztwo przeciwko biegłym, wszczęte z zawiadomienia krewnej studenta, umorzyła prokuratura w Krakowie.

W sierpniu 2011 r. IPN wystąpił do Instytutu Ekspertyz Sądowych o opinię z zakresu biomechaniki dotyczącą tego, czy Pyjas mógł spaść ze schodów i doznać śmiertelnych obrażeń. Uzyskana w połowie 2012 roku opinia potwierdziła taką możliwość. Zdaniem biegłych IES, przeprowadzone symulacje i analizy doprowadziły do wniosków, że wszystkie obrażenia na ciele Pyjasa są spójne z możliwością upadku przynajmniej z poziomu drugiego piętra schodów. Najbardziej prawdopodobna wersja to upadek ze wskazanych przez biegłych miejsc na klatce schodowej, odbicie się od barierki poniżej i uderzenie lewym bokiem o posadzkę.

Jednocześnie biegli stwierdzili, że nie ma możliwości ustalenia, czy Pyjas spadł sam, czy też został zepchnięty. Wskazali też, że materiał sprawy nie potwierdza użycia wobec Pyjasa drastycznej formy przemocy - co ich zdaniem nie wyklucza, że użyto przemocy niepozostawiającej śladów.

Do tej pory zarzuty utrudniania śledztwa z lat 70. przedstawiono sześciu osobom. Według prokuratury w wyniku ich działalności zaprzepaszczono szanse na ustalenie okoliczności śmierci Pyjasa. Cztery z nich zmarły w toku postępowania, dwóch oskarżonych zostało prawomocnie skazanych.