Pod koniec lata 1944 r., gdy malała liczba transportów z Żydami przeznaczonymi na zagładę, Niemcy zaczęli sukcesywnie zmniejszać liczebność Sonderkommanda mordując jego członków. We wrześniu zgładzili ok. 200 osób. Pozostali zdali sobie sprawę z zagrożenia i zaplanowali bunt. W przygotowaniach, Żydom pomagali jeńcy sowieccy również wcieleni do Sonderkommanda.

7 października 1944 r. rano obozowy ruch oporu zawiadomił buntowników, że SS zamierza zgładzić 300 członków Sonderkommanda. Żydzi postanowili walczyć. Organizatorami buntu byli polscy Żydzi: Załmen Gradowski, Jankiel Handelsman, Josef Deresiński i Josef Darębus. Sygnałem do walki miało być podpalenie krematorium.

Szlomo Venezia, zmarły w 2012 r. członek Sonderkommanda, wspominał, że najważniejsza część buntu miała się rozegrać w krematorium II. Więźniowie planowali, że zaatakują wartowników SS, którzy każdego dnia o godz. 18 przechodzili w pobliżu bramy idąc do wieżyczek, zabiją ich i zdobędą broń. To miał być sygnał do walki.

Sesja edukacyjna online: „Z Litzmannstadt Ghetto do KL Auschwitz”

➡️ rozmowa z ocalałym z Auschwitz Marianem Turskim
➡️ wykład dr. Adama Sitarka @unilodzo historii getta w Litzmannstadt

????️ 7.10
⏰ 17:00-19.00

Więcej informacji: https://t.co/yeBrabxoxJ pic.twitter.com/2WEZc9M2KI

— Muzeum Auschwitz (@MuzeumAuschwitz) October 6, 2021

Esesmani przyszli jednak po godz. 13., by zabrać więźniów z krematorium IV. Zostali zaatakowani. Więźniowie byli uzbrojeni w kamienie, młotki i siekiery. Podpalili krematorium. Akcję podjęli także osadzeni w krematorium II. Zabili m.in. kapo Toepfera. „Ocaleni opowiedzieli nam, co zrobili z Karlem, niemieckim kapo, tym pospolitym kryminalistą, który najprawdopodobniej doniósł o planowanym buncie. Ogłuszyli go i tak jak stał, w ubraniu wrzucili do pieca” – relacjonował Venezia.

Historyk z Muzeum Auschwitz Igor Bartosik podaje, że Toepfer przed wrzuceniem został zasztyletowany.

Więźniowie przerwali druty obozowe i zaczęli uciekać w stronę Pławów. Drogę przeciął im oddział alarmowy SS. W wyniku ostrzału polegli oni w okolicach obozowego gospodarstwa rolnego.

W walce zginęło ok. 250 więźniów. Byli wśród nich organizatorzy buntu. Ok. 200 zatrzymanych rozstrzelano wkrótce potem. „Zebrano nas przy krematorium. Przemawiał komendant. Pytał, czy zdajemy sobie sprawę z tego, co zrobiliśmy? Powiedział, że poniesiemy konsekwencje. Kazano nam położyć się twarzą do ziemi, ręce do tyłu i rozstrzeliwano co trzeciego” – wspominał po wojnie więzień Sonderkommando Henryk Mandelbaum.

„Tak daleko, tak blisko” - Austria a Auschwitz” to tytuł nowej wystawy austriackiej otwartej w bloku 17 na terenie byłego niemieckiego nazistowskiego obozu Auschwitz I. https://t.co/5NsrtUcDoX pic.twitter.com/ZHqcnAWMtd

— Muzeum Auschwitz (@MuzeumAuschwitz) October 4, 2021

Po buncie Niemcy wszczęli dochodzenie, skąd więźniowie mieli proch. Ustalili, że dostarczały go żydowskie dziewczęta zatrudnione w fabryce: Roza Robota, Ala Gaertner, Regina Safirsztain i Estera Wajcblum. Zostały powieszone trzy tygodnie przed wyzwoleniem obozu.

Pierwsze Sonderkommando powstało, by obsługiwać krematorium I w obozie macierzystym Auschwitz, w którym już latem 1941 r. palono ciała. Na początku lata 1944 r., gdy do Birkenau docierały transporty z Żydami węgierskimi, liczyło ono ok. 900 więźniów. Zawsze byli on izolowani od reszty. Obóz przeżyło zaledwie kilkudziesięciu.

Po wojnie były więzień Sonderkommando Henryk Mandelbaum mówił: „Kiedy trafiłem do niego, było tak, jakbym do piekła trafił. Ja to palenie, wyrywanie zębów mam codziennie przed sobą. Chodzę z tymi obrazami, jem, śpię, tańczę, śpiewam. Tego się nie da wymazać. Mam to we krwi, w całym ciele” – wspominał. Henryk Mandelbaum zmarł 17 czerwca 2008 roku.